在2016年福建省高校排行榜中，厦门大学蝉联榜首，福州大学居第2，福建师范大学列第3，福建农林大学居第4，华侨大学列第5。全部排名数据请看下表：
| 本省排名 | 学校名称 | 城市 | 全国排名 | 总分 | |
| 1 | 厦门大学 | 厦门市 | 23 | 72.23 | 5 |
| 2 | 福州大学 | 福州市 | 83 | 63.89 | 3 |
| 3 | 福建师范大学 | 福州市 | 104 | 63.24 | 3 |
| 4 | 福建农林大学 | 福州市 | 133 | 62.64 | 3 |
| 5 | 华侨大学 | 泉州市 | 164 | 62.13 | 2 |
| 6 | 集美大学 | 厦门市 | 268 | 61.25 | 2 |
| 7 | 福建医科大学 | 福州市 | 279 | 61.19 | 2 |
| 8 | 福建中医药大学 | 福州市 | 359 | 60.84 | 1 |
| 9 | 福建工程学院 | 福州市 | 396 | 60.68 | 1 |
| 10 | 厦门理工学院 | 厦门市 | 404 | 60.66 | 1 |
| 11 | 闽南师范大学 | 漳州市 | 421 | 60.62 | 1 |
| 12 | 闽江学院 | 福州市 | 448 | 60.57 | 1 |
| 13 | 泉州师范学院 | 泉州市 | 509 | 60.47 | 1 |
| 14 | 三明学院 | 三明市 | 546 | 60.43 | 1 |
| 15 | 龙岩学院 | 龙岩市 | 566 | 60.4 | 1 |
| 16 | 福建江夏学院 | 福州市 | 581 | 60.38 | 1 |
| 17 | 莆田学院 | 莆田市 | 589 | 60.37 | 1 |
| 18 | 宁德师范学院 | 宁德市 | 636 | 60.33 | 1 |
| 19 | 武夷学院 | 南平市 | 645 | 60.32 | 1 |
| 福建警察学院 | 福州市 | 2 |
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