根据北京考区的统一部署，西医（包括临床、口腔、公共卫生类别)的考生实行网上缴费，现场确认后请于4月20日前网上缴纳技能考试费用；技能考试通过后请于8月30日前网上缴纳笔试考试费用。逾期不缴费的，视为报名无效。
中医（包括中医、中西医结合类别)的考生实行现场缴费。
根据北京市物价部门核定的考试收费标准收取考务费用，各级各类每考生费用如下表：
| 类别 级别 | 执业医师 | 执业助理医师 |
| 临床 | 310 | 290 |
| 公共卫生 | 310 | 290 |
| 口腔 | 410 | 390 |
| 中医（中西医结合) | 392 | 372 |
| 2016年医师资格考试网上辅导招生方案（各班次） | |||||
| 辅导类别 | 特色/无忧班 | 精品无忧班 | 实验无忧班 | 定制无忧班 | 免费试听 |
| 医师实践技能 | 300元/人 | —— | —— | —— | 免费试听 |
| 临床执业医师 | 880元介绍 | 1280元介绍 | 1980元介绍 | 2980元介绍 | 免费试听 |
| 临床助理医师 | 780元介绍 | 1180元介绍 | 1880元介绍 | 2880元介绍 | 免费试听 |
| 中医执业医师 | 880元介绍 | 1280元介绍 | 1980元介绍 | 2980元介绍 | 免费试听 |
| 中医助理医师 | 780元介绍 | 1180元介绍 | 1880元介绍 | 2880元介绍 | 免费试听 |
| 中西医执业医师 | 880元介绍 | 1280元介绍 | 1980元介绍 | 2980元 介绍 | 免费试听 |
| 中西医助理医师 | 780元 介绍 | 1180元介绍 | 1880元介绍 | 2880元介绍 | 免费试听 |
| 口腔执业医师 | 880元介绍 | 1280元介绍 | 1980元介绍 | 2980元介绍 | 免费试听 |
| 口腔助理医师 | 780元介绍 | 1180元介绍 | 1880元介绍 | 2880元介绍 | 免费试听 |
| 公卫执业医师 | 880元介绍 | 1280元介绍 | —— | —— | 免费试听 |
| 公卫助理医师 | 780元介绍 | 1180元介绍 | —— | —— | 免费试听 |
| 乡村全科助理医师 | 特色班：580元 特色无忧班：980元 | —— | —— | —— | 免费试听 |
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